解题思路：根据集合的基本运算以及充分条件和必要条件的定义进行判断即可．
当m=3时，A={1，9}，B={3，9}，满足A∩B={9}，
若A∩B={9}，则m2=9，解得m=±3，
∴“m=3”是“A∩B={9}”的充分不必要条件．
故选：A．
点评：
本题考点： 必要条件、充分条件与充要条件的判断．
考点点评： 本题主要考查充分条件和必要条件的判断，根据集合的基本运算是解决本题的关键，比较基础．
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