解题思路：先根据勾股定理得出△ABC的三边关系，再根据正方形的性质即可得出S1的值．
∵△ABC中，∠ABC=90°，
∴AB2+BC2=AC2，
∴BC2=AC2-AB2，
∵BC2=S1、AB2=S2=4，AC2=S3=6，
∴S1=S3-S2=6-4=2．
故答案为：2．
点评：
本题考点： 勾股定理．
考点点评： 本题考查的是勾股定理及正方形的面积公式，先根据勾股定理得出AB、BC及AC之间的关系是解答此题的关键．
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