按所研究的生物类别分
有微生物生态学、植物生态学、动物生态学、人类生态学等；还可细分,如昆虫生态学、鱼类生态学等.
按生物系统的结构层次分
有个体生态学、种群生态学、群落生态学生态系统生态学等.
按生物栖居的环境类别分
有陆地生态学和水域生态学；前者又可分为森林生态学、草原生态学、荒漠生态学、土壤生态学等,后者可分为海洋生态学、湖沼生态学、流域生态学等；还有更细的划分,如植物根际生态学、肠道生态学等. 生态学与非生命科学相结合的,有数学生态学、化学生态学、物理生态学、地理生态学、经济生态学、生态经济学、森林生态会计等；与生命科学其他分支相结合的有生理生态学、行为生态学、遗传生态学、进化生态学古生态学等. 应用性分支学科有：农业生态学、医学生态学、工业资源生态学、环境保护生态学、环境生态学、生态保育、生态信息学、城市生态学、生态系统服务、景观生态学等. 生态学的一般规律大致可从种群、群落、生态系统和人与环境的关系四个方面说明.
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