水经氯消毒后往往会产生多种有害物质,尤其是“三致”作用的消毒副产物,如三氯甲烷、氯乙酸等.许多氯化消毒副产物在实验中证明具有致畸性、致突变性、致癌性、神经毒性作用等; §,长期饮用氯化水对生殖也有影响,可能引起自然流产、早产和死胎以及出生缺陷,也可能造成新生儿体重太轻,早熟或胎儿生长延迟等; §液氯不能有效杀灭隐孢子虫及其孢囊.
二氧化氯消毒灭菌效果好,有机副产物少,毒性较轻,但其主要无机副产物为亚氯酸盐(ClO2- )、氯酸盐(ClO3-)等,其中亚氯酸盐毒性较大,可能对血液中红细胞有影响,国外研究雌鼠饮用含有高浓度亚氯酸盐的水,生产的幼鼠体重轻,并有死胎.