假设如果基因工程中的大肠杆菌自身含有质粒的话,那我们导入的质粒在纯化的过程中岂不是都将大肠杆菌本身的质粒都纯化出来了么?并且自身的质粒也会对我们导入的质粒产生干扰.不合逻辑.因此进行改造后的大肠杆菌是不含有质粒的,这样我们才可以将我们自己构建好的质粒导入大肠杆菌中.因此对于一些用于质粒扩增的大肠杆菌菌株,如DH5α,用于表达蛋白的菌株,如BL21（DE3）,自身均不含有质粒.
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