解题思路：本题考查生物实验中对照实验的设计．
由题干可知该实验的自变量应设置是否为是否存在该种细菌，方案一和方案二中乙内不能确定细菌种类，AB错误．方案三中单一变量为是否接种该种细菌，同时控制环境条件等无关变量一致，C正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 生态系统的结构．
考点点评： 探究实验满足的原则：对照原则、单一变量原则．
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