甲烷冰里是存在氢键的,在水分子之间.水分子通过氢键作用形成笼,甲烷分子则被包于其内部.甲烷分子与水分子之间是不存在氢键的,应为碳原子的电负性(吸引电子的能力)太低.一般来说氢键只有在X-H与Y（X和Y是两种电负性较高的元素,且Y上含有故对电子,如N,O,F,Cl,Br之类非金属性较强的元素）之间形成,当然一些特殊的氢键也可以在共轭体系与X-H之间形成.具体的可以去查查关于氢键的定义.
甲烷冰中不仅有水分子见的氢键作用,还有甲烷分子与水分子之间的分子间作用（诱导力和色散力）
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