A、显微镜下观察到墨水中的小碳粒在不停的无规则运动，是布朗运动，这反映了水分子热运动的无规则性，故A错误；
B、分子间的相互作用的引力和斥力随着分子间距离的增大而逐渐减小，故B错误；
C、当分子间距小于平衡间距时，分子势能随着分子距离的增大而逐渐减小；当分子间距大于平衡间距时，分子势能随着分子距离的增大而逐渐增加，故C错误；
D、在真空、高温条件下，可以利用分子扩散向半导体材料掺入其它元素来制作元件，故D正确；
故选D．
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