本文根据球果可育种鳞的位置把柏科(狭义)分为2亚科,即上部种鳞不可育的柏木亚科Cupres-soideae和上部种鳞可育的澳洲柏亚科Callitroideae.综合其他形态学和解剖学证据,柏木亚科又分4族,即柏木族Cupresseae(包括:柏术属Cupressus、杂交柏属×Cupressocyparis、扁柏属Chamaecyparis和福建柏属Fokeinia)、侧柏族Thujopsideae(包括:崖柏属Thuja、罗汉柏属Thujopsis和侧柏属Platycladus)、圆柏族Junipereae(包括:圆柏属Juniperus和海参威柏属Microbiota)以及香漆柏族Tetraclineae(包括:翠柏属Calocedrus和香漆柏属Tetraclinis).澳洲柏亚科又分3族,即澳洲柏族Actinostrobeae(包括:西澳柏属Actinostuobus、澳洲柏属Callitris、智利柏属Fitzroya和杉叶柏属Neocallitropsis)、南非柏族Widdring-toneae(包括:白智利柏属Pilgerodendron、塔斯曼柏属Diselma和南非柏属Widdringtonia)以及甜柏族Libocedreae(包括:甜柏属Libocedrus、巴布亚柏属Papuacedrus和南美柏属Austrocedrus).
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