DNA的旋转主要是一级结构中的碱基对之间的次级键,包括氢键、盐碱、疏水力和范德华力.比如两条单链首先通过碱基之间的氢键配对后成为梯子状,而后在间隔3个也就是每4个核苷酸分子的-OH和-H再次形成氢键从而压缩成麻花状,这是常见的B-DNA.
DNA在细胞内,一般是两头或一头固定在细胞膜或者核膜上,解旋酶作用时,是在两头固定或者一头固定的DNA的局部,想象螺旋后的两条绳子,当一段固定,另一端用两手掰开,剩余部分的螺旋必然会变大,变得更紧密,以至于转化为超螺旋（但超螺旋是本来就有的只是数目不同了）,这是旧的氢键和新的氢键形成的过程.总之你将这一情形想象成一头或两头固定的两条螺旋化的绳子,就懂了.
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