分子标记 (Molecular Markers) 是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平遗传多态性的直接的反映.与其他几种遗传标记——形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比,DNA分子标记具有的优越性有：大多数分子标记为共显性,对隐性的性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富,分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段,不同组织的DNA都可用于标记分析；分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性,不影响目标性状的表达,与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速.随着分子生物学技术的发展,现在DNA分子标记技术已有数十种,广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面.
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