A、质子数相同的粒子不一定是同种元素的原子，可能是原子和分子，例如氖原子和水分子都是由10个质子构成，但不属于同种元素，也可能是分子和离子等情况，故A说法错误；
B、分子是由原子构成的，有的分子比有的原子大，有的分子比有的原子小，故B说法正确；
C、同种分子化学性质相同，不同种分子化学性质不同，故C说法正确；
D、纯净物是指由一种物质组成的物质，可以有一种元素也可以有多种元素，由一种元素组成的物质不一定是纯净物，例如氧气和臭氧放在一起属于混合物，故D说法正确．
故选A．
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