A、汤姆生发现了电子，使人们认识到原子具有复杂结构，不是原子核，故A错误；
B、光线通信若采用的光导纤维是由内芯和包层介质组成，根据光的全反射条件，则内芯和包层折射率不同，且包层折射率较小，故B错误；
C、在光的双缝干涉实验中，入射光由绿光改为红光，波长变长，则屏上的条纹间隔将变宽，故C正确；
D、麦克斯韦预言了电磁波的存在，而在电磁波中，当入射光的频率大于极限频率时，才能发生光电效应．故D错误；
故选：C
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