md怎样添加溶剂分子数目
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能量优化是为了消除起始模型中可能存在碰撞的结构,使得接下来的模拟能有一个好的起始结构,amber中主要有两种把,steepest descent 和 conjugate gradient
MD当然需要电荷了,主要有软件所带的力场提供
amber中用了不止原子坐标,因为amber在赋予原子力场参数时,需要根据原子的名称来识别原子的类型
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