(1). 质粒文库 质粒是最早用于基因克隆的载体.现已有各种适用于不同工作的如克隆、表达、测序等专用商品质粒.但在构建基因文库上,由于质粒相对较小并只能容纳比自身更小的片段,因此它不能用于构建核基因组文库,通常只用来构建短序列的克隆文库.例如叶绿体DNA分子较小,可以用质粒构建叶绿体DNA文库.质粒载体可用于生物cDNA文库构建.但只适合于高丰度的mRNA.(2). 噬菌体文库 目前用于基因克隆的噬菌体载体及其衍生载体很多,如单链的M13噬菌体载体、λ噬菌体载体、P1噬菌体载体、噬菌粒(phagemid或phasmid)等.其中使用最多的是入噬菌体.λ-DNA为双链结构,长49kb.线性分子两端各有一条12个核苷酸的黏性末端称cos位点.分子中有约15kb可去掉的非必要基因区,又称“填充区”,“填充区”两侧的序列含有其增殖所必需的全部基因,称为左、右臂.“填充区”可被外源DNA取代,构成重组体,这是它成为克隆载体的结构基础.由于噬菌体头部包装容量的限制,重组λ-DNA分子大小只能在39—52kb之间.(3). 黏粒文库 黏粒(cosmid)也称柯斯质粒,是人工构建的由λ噬菌体的COS序列、质粒的复制子序列及抗生素抗性基因序列组合而成的一类特殊的质粒载体.COS序列是DNA包装进噬菌体颗粒所必须的.复制子通常是使用ColEl或pMBl的复制起始位点.黏粒具有λ噬菌体的某些性质,在克隆了大小合适的外源DNA片段并且在体外被包装成噬菌体颗粒后,能高效转导对入噬菌体敏感的大肠杆菌宿主细胞.在宿主细胞内按λ噬菌体方式环化,但不能通过溶菌周期,无法形成子代噬菌体颗粒(因分子中不具入噬菌体全部必要基因).它也具有质粒载体的主要性质,在宿主细胞内可以像其他质粒一样复制,并与松弛型质粒相同,适量的氯霉素可促进扩增.因具抗生素基因,可以通过抗生素抗性筛选重组子.黏粒载体在构建时也加上了设在插入失活基因内的多克隆位点.黏粒载体的分子较小(2.8—24kb),但克隆容量很高,对外源DNA长度的要求是30~45 kb,上限几乎是入噬菌体载体容量(23 kb)的2倍,所以黏粒载体在核基因组文库构建上具有相当的优势,可克隆包括3,和5’调控区在内的完整的植物基因.(4).人工染色体文库 人工染色体载体是利用真核生物染色体或原核生物基因组的功能元件构建的能克隆大于50kbDNA片段的人工载体.其中有的载体既可用于克隆,又能直接转化,是进行基因功能研究的良好载体.近年来陆续发展起来的人工染色体文库有YAC库、BAC库、BIBAC库、PAC库及TAC库.
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