解题思路：基因是具有遗传效应的DNA片段，含有成百上千个脱氧核苷酸，DNA分子是以4种脱氧核苷酸为单位连接而成的长链，这四种脱氧核苷酸分别含有A、T、C、G四种碱基．
A、基因中含有成百上千个脱氧核苷酸，A正确；
B、基因是具有遗传效应的DNA片段，B正确；
C、控制果蝇白眼的基因位于X染色体上，而Y染色体不含有它的等位基因，C正确；
D、组成基因片段中的基本单位是脱氧核苷酸，有4种碱基，4种脱氧核苷酸，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因与DNA的关系；DNA分子的基本单位；基因和遗传信息的关系．
考点点评： 考查基因与DNA之间的关系，主要考查学生对该知识点的掌握．
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