解题思路：物质的结构决定物质的性质，根据金刚石和石墨的结构分析物理性质有很大差异的原因．
A、金刚石和石墨是由同种碳元素组成的不同的单质．故A错误；
B、金钢石、石墨里碳原子排列不同，是物理性质有很大差异的原因．故B正确；
C、金刚石、石墨都是由碳元素组成的不同的单质．故C错误；
D、金刚石、石墨都是一种物质组成的，属于纯净物．故D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 碳单质的物理性质及用途．
考点点评： 结构决定性质，性质决定用途，反之，用途体现性质，性质体现结构．
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