不知道你用的电转移法是湿的还是半干的．我只用过湿法以下是我的经验：
没有听说过短路的问题,因为滤纸和凝胶都完全浸在缓冲液里面,缓冲液才是导电的关键介质．
滤纸比凝胶大很多的情况我有多次经验,完全没有问题,结果同大小一致时没有区别．
滤纸比凝胶小没有试过,有两个问题：
一是凝胶不能很好地固定,超出滤纸边缘的部分得不到支撑
二是超出部分凝胶与硝酸纤维素膜不能很好地贴合,因为没有滤纸在两侧均匀地施压
预测结果为超出部分的蛋白质无法很好转移,多数跑到缓冲液里而丢失,但滤纸覆盖部分仍旧可以正常转移．
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