解题思路：本题是对基因重组、基因突变、染色体变异的考查，梳理基因突变、基因重组、染色体变异的概念、分类和特点，然后根据选项涉及的具体内容进行解答．
A、染色体由DNA和蛋白质组成，染色体中DNA的一个碱基缺失不属于染色体结构变异，可能是基因突变，A错误；
B、基因突变是基因中碱基对的增添、缺失或替换，光学显微镜下不能直接观察，B错误；
C、基因重组包含非同源染色体上非等位基因的自由组合和同源染色体上非姐妹染色单体之间的交叉互换，C正确；
D、秋水仙素诱导多倍体形成的原因是抑制纺锤体的形成，从而使染色体加倍，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义；基因突变的原因；染色体结构变异和数目变异．
考点点评： 本题的知识点是基因突变的概念，基因突变与染色体变异的不同点，基因重组的概念，染色体结构变异与数目变异，秋水仙素诱导染色体加倍的原因，对于基因突变、基因重组、染色体变异的理解与掌握是解题的关键．
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