生物界中雄性或雌性体细胞中（XY或ZW）两条异型的性染色体,形态大小是不一样的,如人类的性染色体XY有同源区和非同源区（如下图）.如果生物的性状是由X非同源区的基因控制的,其遗传方式与性别有关,如人类的白化病、色盲、进行性营养不良（隐性）,抗维生素D佝偻病（显性）；生物的性状是由Y非同源区的基因控制的,其遗传方式只限男性,如耳廓多毛的遗传,生物学上称这之为X（Y）－连锁；位于X染色体和Y染色体同源区段的基因就称为X和Y连锁也称为不完全性连锁.这个区段称为假常染色体同源区.1、假常染色体同源区：在一对异形性染色体中,有部分区段是同源的,此段区域称为假常染色体同源区,减数分裂时可以联会.也有另一部分区段是不同源的,在减数分裂时不配对.位于X染色体不同源区域的基因和Y染色体不会发生交换,称为X（Z）-连锁（X-linkage）,同样位于Y染色体上的非同源区域的基因就称为Y（W）-连锁（Y-limkage）.位于X染色体和Y染色体同源区段的基因就称为X和Y连锁（X and Y linkage）,由于这一区域有交换重组的可能,所以也称为不完全性连锁.如斯特恩（Stern）发现果蝇的刚毛有一种突变型,刚毛变短,称截刚毛（bobbed bristles）,它的遗传其正反交的结果不是F1表现型不同,而是F2表现型不同,只能推论Y染色体上有相应的等位基因存在才可得到很好的解释.这也是唯一X和Y连锁的例子.2、不完全性连锁遗传与常染色体遗传及伴X遗传的关系 常染色体遗传：病白化病男女群体的发病率基本相同,某一对夫妇的孩子男女的发病率也基本相同.伴X遗传：色盲病男女群体的发病率不同,某一对夫妇的孩子男女的发病率可相同也可不同.不完全性连锁遗传：果蝇雌雄群体的截刚毛比例基本相同,某一对果蝇后代雌雄截刚毛的比例可相同也可不同.伴Y染色体遗传（Y-连锁遗传）：限雄.Y染色体上基因很少,而X染色体上又没有相应的等位基因,因此无论是显性还是隐性都可以表达,直到现在人类Y连锁的唯一例子就是毛耳缘,即成年男性外耳道长出丛生硬毛,长约2-3cm,伸于耳道之外.在鱼类中Y连锁遗传的例子还是有的,如背鳍上的斑点就属于Y连锁遗传.总之,从群体上看,不完全性连锁遗传像常染色体遗传；从一对亲代杂交上看,不完全性连锁遗传又像伴性遗传.
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