解题思路：本题的知识点是生物进化的实质，生物的共同进化，生殖隔离的概念和在物种进化中的作用，自然选择在生物进化中的作用，梳理相关知识点，然后分析选项进行解答．
A、基因频率的改变意味着生物的进化，不一定产生新物种，A错误；
B、生物个体进化的过程也是生物多样性形成的过程，B正确；
C、四倍体与二倍体杂交后代是三倍体，三倍体是高度不育的，因此四倍体西瓜与二倍体西瓜之间存在生殖隔离，C错误；
D、突变是不定向的，青霉素只是对抗药性突变体起到了选择作用，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容．
考点点评： 对于现代生物进化理论内容的理解，把握知识点的内在联系是解题的关键．
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