在光合作用的光反应中,叶绿素a激发出了一个电子,而旁边的酵素使水裂解成氢离子和氧原子,多余的电子去补叶绿素a分子上的缺.然后叶绿素a透过如图所示的过程,生产ATP与NADPH（还原型辅酶）分子,过程称之为电子传递链；
暗（碳）反应中,植物通过气孔将CO2由外界吸入细胞内,通过自由扩散进入叶绿体,叶绿体中含有C5,起到将CO2固定成为C3的作用,C3再与NADPH在ATP供能的条件下反应,生成糖类（CH2O）并还原出C5.被还原出的C5继续参与暗反应.
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