解题思路：阅读题干可知，本题涉及的知识有减数分裂、细胞凋亡和染色体结构，明确知识点，梳理相关的基础知识，结合问题的具体提示综合作答．
A、DNA分子主要存在于细胞核中，但线粒体中也有少量，所以次级精母细胞中细胞核中的DNA与正常表皮细胞不相同，A错误；
B、细胞的自然死亡、被病原体感染的细胞的清除，都是通过细胞凋亡完成的，B错误；
C、初级精母细胞中染色单体的数目正好是正常体细胞中细胞核中DNA分子的数目两倍，C错误；
D、细胞中的染色体数目就是根据着丝点数目确定的，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞有丝分裂不同时期的特点；细胞凋亡的含义；细胞的减数分裂．
考点点评： 本题考查细胞的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．
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