解题思路：基因是有遗传效应的DNA片段．A和a是一对等位基因，位于同源染色体相同位置上，是基因突变产生的，两者的本质区别是碱基序列不同．
等位基因是位于同源染色体相同位置，控制相对性状的基因，等位基因A与a的本质区别在于基因片段中脱氧核苷酸的排列顺序的差别，也即碱基序列的不同．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因和遗传信息的关系．
考点点评： 本题考查等位基因的相关知识，要求考生识记等位基因的概念，明确A和a是基因突变产生的，理解和掌握两者的本质区别，属于考纲识记和理解层次的考查．
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