解题思路：功是标量，几个力对物体做的总功，就等于各个力单独对物体做功的代数和．
当有多个力对物体做功的时候，总功的大小就等于用各个力对物体做功的代数和，
由于力F1对物体做功3J，力F2对物体做功-4J，所以F1与F2的合力对物体做的总功就为3J-4J=-1J，选项ABC错误，D正确．
故选：D
点评：
本题考点： 功的计算．
考点点评： 因为功是标量，求标量的和，几个量直接相加求代数和即可．
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