种子萌发的条件分为自身条件和外界条件．自身条件是完整有活力的胚和供胚发育的营养物质；外界条件是充足的空气、一定的水分和适宜的温度．
A、该装置可以同时探究水分、空气对种子萌发的影响，不能探究温度对种子萌发的影响．不符合题意；
B、①种子可以和②种子形成对照，说明水分对种子萌发的影响．不符合题意；
C、②种子可以和③种子形成对照，说明空气对种子萌发的影响．不符合题意；
D、每组只选用了一粒种子，存在偶然性，实验结论不科学．符合题意；
故选：D
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