解题思路：由A={0，1，2，3，4，5，6}，B={x|x=3a，a∈A}，先求出集合B．再利用交集的运算求出A∩B．
∵A={0，1，2，3，4，5，6}，
∴B={x|x=3a，a∈A}={0，3，6，9，12，15，18}，
∴A∩B={0，3，6}．
故选B．
点评：
本题考点： 交集及其运算．
考点点评： 本题考查交集及其运算，是基础题．解题时要认真审题，仔细解答．
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