如果只探究“光照对玉米种子萌发的影响”，那么变量就是光照，所以设置有光和无光两种实验环境，并保证水分、温度和空气等种子萌发适宜的条件，所以实验设计为：在相同的两个烧杯中分别放等量潮湿的棉花，再将相同数量的种子放在上面，一个烧杯放在25℃的光下，一个烧杯放在25℃的黑暗环境中，观察两组种子的萌发情况．
故选：B
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