你一开始用的是盐水提取的DNA是吧?这个盐水的浓度很有讲究啊!0.14mol/L（?不记得了）的氯化钠造成了DNA有最大溶解度而蛋白质难溶解的环境,溶解出DNA,然后用酒精使DNA沉淀析出.确实有一部分蛋白质溶解在盐水里然后被酒精和DNA一起沉淀了,但是对实验的结果影响不大.精密的实验中,酒精沉淀之前还有好几步除蛋白的过程,以保证粘附在DNA上的蛋白质被除尽
PS：有相当一部分蛋白质可以溶解在一定浓度的酒精里.他们有一个称谓叫“醇溶蛋白”
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