解题思路：分子与原子的本质区别是：在化学反应中，分子可分，而原子却不能再分．
A、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，故A错误；
B、分子与原子的本质区别是：在化学反应中，分子可分，而原子却不能再分，故B正确．
C、有的物质是由分子构成，有的物质是由原子构成，有的物质是由离子构成，故C错误；
D、分子能保持该物质的化学性质，由原子构成的物质，原子也能保持物质的化学性质，故D错误；
故选B．
点评：
本题考点： 分子和原子的区别和联系．
考点点评： 解答本题的关键是：掌握分子和原子的本质区别是在化学变化中，分子可以再分而原子不能再分．
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