楼主的问题问的太宽泛了.请问你是具体问题出在哪里呢?
你可以利用Biomart这个工具(),找到种间的orthlogue关系以及各种类型的注释ID直接的对应关系.你也可以用ncbi里面的homologene数据库去找种间的同源序列.
multiple alignment可以用clust W或者mega做.
系统发育树可以用mega做.PHYLIP好像也可以.
基因结构上可以做做gc含量,外显子大小,splicing,调控序列什么的
蛋白结构预测软件很多,不过我没做过.
ncbi有一个conserved domain 的数据库,你可以和他比较下,分析下结构域.
表达情况.你可以找找相关的EST(ncbi)或者array(.这个不记得了,在ncbi上应该有别人的数据)的表达数据.