解题思路：基因中6个碱基决定mRNA中3个碱基，决定一个氨基酸，所以基因含有6000个碱基，能合成1000个氨基酸组成的肽链，该肽链中含有1000-1个肽键．
基因中6个碱基决定一个氨基酸，所以基因含有6000个碱基，能控制合成6000÷6=1000个氨基酸，这1000个氨基酸形成一条肽链共形成的肽键数=1000-1=999个．A正确．
故选：A．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题考查基因碱基数与控制合成的氨基酸数目的关系，氨基酸数目与形成的肽键数目的关系，总结相关知识点形成网络是解题的关键．
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