首先,你的问题问错了,你没有理解原子是组成物质的基本粒子.
化合物都是由多原子分子组成的,要明白分子也是由原子组成的.这样你有疑问就是在分辨单质是不是由单原子构成的.我们常见的单质,如金属、稀有气体和大多数的无机非金属单质都是单原子分子.其它的气体和少量的无机物(卤族)是多原子的,但大多都只是双原子的.
至于更深层的原因有兴趣可以自己学习.
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