A、宇宙是由物质组成的，宇宙中有很多的星系，星系中又有很多星体，宇宙是一个有层次的天体结构系，故A正确；
B、分子是由原子组成的，分子间存在空隙，故B错误；
C、电子的发现使人们认识到原子是可以再分的，原子由居于原子中心的原子核与核外电子组成，电子的发现揭示了原子是有结构的，故C正确；
D、分子间同时存在相互作用的引力与斥力，故D正确；
故选B．
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