蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和液泡等细胞器,含叶绿素a,无叶绿素b,含数种叶黄素和胡萝卜素,还含有藻胆素（是藻红素、藻蓝素和别藻蓝素的总称）.
蓝藻虽无叶绿体,但在电镜下可见细胞质中有很多光合膜,叫类囊体,各种光合色素均附于其上,光合作用过程在此进行.蓝藻的细胞壁和细菌的细胞壁的化学组成类似,主要为肽聚糖（糖和多肽形成的一类化合物）；贮藏的光合产物主要为蓝藻淀粉和蓝藻颗粒体等.
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