你想的很好,不过你忽略了一点：
我们假设分子间距无穷远时分子势能为零,那么当两个分子靠近时,分子先表现为引力（到后来也会表现为斥力,这时就变成了压缩状态了,不是本题所讨论的范围）,那么分子间作用力做正功,分子势能减小,分子势能就成为负值,所以当认为蒸气的分子势能为零时,液态水的势能为负值.所以你说的问题是不矛盾的
顺便说一下,势能是可以为负值的,这是由于你选的零势能参考点不同而导致的
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