最早的显微镜是16世纪末期在荷兰制造出来的.发明者可能是一个叫做札恰里亚斯·詹森的荷兰眼镜商,或者另一位荷兰科学家汉斯·利珀希,他们用一个凹镜和一个凸镜制作了简易的显微镜,但并没有用这些仪器做过任何重要的观察,没有发现显微镜的真正价值.
后来有两个人开始在科学上使用显微镜.第一个是意大利科学家伽利略.他通过显微镜观察到一种昆虫后,第一次对它的复眼进行了描述.第二个是荷兰亚麻织品商人安东尼·凡·列文虎克（1632年-1723年）,他自己学会了磨制透镜.他第一次描述了许多肉眼所看不见的微小植物和动物.
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