科学家已发现的益生菌大体上可分成三大类,其中包括：
①乳杆菌类（如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、詹氏乳杆菌、拉曼乳杆菌等）；
②双歧杆菌类（如长双歧杆菌、短双歧杆菌、卵形双歧杆菌、嗜热双歧杆菌等）；
③革兰氏阳性球菌（如粪链球菌、乳球菌、中介链球菌等）.此外,还有一些酵母菌与酶亦可归入益生菌的范畴
乳酸菌：制作酸奶等
酵母菌：酿酒、发面等
根瘤菌：寄生于豆科植物根部,为植物提供所需的氮元素.
甲烷菌：能产生天然气供人类使用.
腐生菌：分解动植物尸体,参与地球上的物质循环,维持生态平衡.
大型真菌（蘑菇、灵芝、木耳、银耳等）：食用、药用.
双歧杆菌
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