解题思路：碳源中包括有机碳源和无机碳源，只要是含碳元素的物质能可以作为碳源．
A、碳源主要是构成微生物的细胞物质和一些代谢产物，故A正确．
B、有些碳源可以作为微生物的主要能源物质，故B正确．
C、蛋白质能做为碳源也可做为氮源，故C错误．
D、不同种类的微生物需要的碳源不同，故D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 微生物的分离和培养．
考点点评： 本题知识点较为简单，考查碳源，考生只需识记，即可得出答案．
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