这个问题涉及到两个不同的语法点
having done 涉及到的语法点是高中的现在分词 had done 是过去完成时态
当然 这是有区别的 这个区别在用法上 举个例子
做完作业 我从痛苦中解脱了 having finished the homework ,i'm totally free from suffering
这里就用having done的形式 而不可能用 had done 虽然意思一样
同样的 改一下 I had finished the homework and was free from suffering
这里就不能用 having done 尽管意思上一样
简单概括一下had done 是可以做谓语动词的 而having done 不能
这两个意思是一样的 已经.但语境不同 用法也就不同
不知这样解释是否对你有些帮助 你遇到具体问题可以再来问我