有氧呼吸和无氧呼吸的公共途径是呼吸作用第一阶段（糖酵解）,是在细胞质基质中进行.在没有氧气的条件下,糖酵解过程的产物丙酮酸被[H]还原成酒精和CO2或乳酸等,在不同的生物体由于酶的不同,其还原的产物也不同.在有氧气的条件下,丙酮酸进入线粒体继续被氧化分解.由于无氧呼吸哪有机物是不彻底的,释放的能量很少,转移到ATP中的能量就更少,还有大量的能量贮藏在不彻底的氧化产物中,如酒精乳酸等.有氧呼吸在有氧气存在的条件下能把糖类等有机物彻底氧化分解成CO2和H2O,把有机物中的能量全部释放出来,约有44％的能量转移到ATP中.
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