解题思路：1、生物变异包括可遗传变异和不可遗传变异；
2、可遗传变异包括基因突变、基因重组和染色体变异．
A、基因突变是基因结构的改变，能产生新基因，因而是生物变异的根本来源，A正确；
B、基因突变的频率是很低的，B错误；
C、基因突变是不定向的，多数是有害的，C错误；
D、基因突变不一定改变生物性状，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因突变的特征．
考点点评： 本题考查基因突变的特征的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．
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