自由组合定律仅在所涉及的基因分离时互不干扰的情况下成立,即不同性状的基因位于不同的染色体上,且在减数分裂时独立进行分离.不符合以上条件的,都不能用自由组合定律.
比如,当控制性状的多对基因位于同一染色体上时,会有基因连锁；当染色体联会时该基因所在区域出现重组现象；当染色体不呈两倍,分配发生混乱；当控制性状的基因位于细胞质内,不能进行均等分离；当细胞有丝分裂后功能特化……等等等等.
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